Né à Samos, île grecque de la mer Egée, vers 580 av. J.C., il n'est pas impossible qu'il ait suivi les enseignements de son célèbre voisin Thalès de Milet.
Ce dernier lui aurait conseillé de voyager pour parfaire ses connaissance : l'Egypte, la Perse, la Phénicie, ...
De retour à Samos, il ne peut s'y établir, l'île étant dominée par un tyran. il gagna la Calabre, dans le sud de l'Italie et fonda à Crotone une école à la fois philosophique, religieuse et scientifique. Les adeptes devenus nombreux et influents ne tardèrent pas à s'attirer des ennuis.
S'étant fait chasser de Crotone, le maître et ses disciples se réfugièrent non loin de là à Métaponte, dans le golfe de Tarente. Pythagore y mourut vers 500 av. J.C., à un âge très avancé.